Hazánk juhtenyésztésében szinte egyeduralkodónak számít a magyar merinó, mely az összes tenyésztett juhfajta mintegy 90%-át adja. A fajta kettős hasznosítású, húsa és gyapja is értékesítésre kerül. A réghonosult cigája, korábban nagyobb jelentőséggel bírt a hazai állattenyésztésben, azonban mára csupán kisebb állományai maradtak fenn, elsősorban a Duna-Tisza közén. Tipikusan hármas hasznosítású fajta, az anyajuhokat fejik, így a hús és a gyapjú mellett a tej is árbevételt jelent.
Vizsgálataink során e két juhfajta, a cigája és a magyar merinó izomszövetében - proteomikai módszerek felhasználásával - kerestünk olyan marker fehérjéket, melyek expressziója a két fajtában eltérő. A vizsgálati csoport 10 növendék kosból állt, ebből 6 állat cigája, 4 pedig merinó volt. Az állatokat intenzív, abrakra alapozott takarmányozással, kiscsoportos, mélyalmos tartástechnológia mellett hizlaltuk. A vágás után, a musculus longissimus dorsi proteom analízisét kétdimenziós poliakrilamid gélelektroforézissel végeztük el. Munkánk során optimalizáltuk a mintatisztításhoz használt lízispufferek összetételét, illetve az izoelektromos fókuszálás előtti rehidratálás körülményeit. Az első dimenziós elválasztást Bio-Rad Protean IEF Cell izoelektromos fókuszálóval végeztük. A második dimenzióhoz a Protean II xi Cell 20x20 cm vertikális elektroforézis (Bio-Rad) készüléket használtunk. A poliakrilamid géleken lévő fehérjéket ezüstfestéssel tettük láthatóvá, az elemzést Delta2D (Decodon ™) szoftver segítségével végeztük. A géleken átlagosan 315 egyedi fehérjepontot különítettünk el. A fehérjepontok intenzitásának elemzése során, a két fajta egyedei között 27 fehérje expressziójának mértékében detektáltunk változást. Az eltérést mutató fehérjék mindegyike kis gyakorisággal előforduló fehérje volt (0,005-1,276 markerfehérje/össz. fehérje %). A szignifikáns eltérést mutató fehérjepontok közül 7 fehérje a cigája növendék kosokban expresszálódott nagyobb mértékben, míg 20 fehérje a merinó fajtában, ezek a különbségek 1,3 – 6,5-szeres expressziós változást jelentettek.